Je potřeba si stáhnout FFMPEG http://cs.wikipedia.org/wiki/FFmpeg a jeho mutaci pro operační systém Windows http://ffmpeg.zeranoe.com/builds/

pak v příkazovém řádku zadáme

ffmpeg -i poskozeny.mp4 -c:a copy -c:v copy opraveny.avi

http://forum.doom9.org/showthread.php?t=145601

http://blog.alwayshere.info/2011/01/ffmpeg-moov-atom-not-found.html